La commune de Villeneuve La Comptal est en zone de protection Natura 2000 pour la frange « piège et collines du lauragais ». Le paysage est marqué par des reliefs de collines peu élevées, avec une avifaune très diverse.
Le site a une position de transition entre montagne noire et premiers contreforts pyrénéens. On peut y voir régulièrement des espèces à grand domaine comme le vautour fauve, l’aigle royal, le faucon pèlerin.
Deux zones naturelles d’intérêt écologique, faunistique et floristique (ZNIEFF) sont inscrites sur le territoire communautaire auquel Villeneuve appartient: collines et bois de Payra et bordure orientale de la Piège. Elles accueillent des espèces d’oiseaux remarquables telles que le busard cendré, l’aigle botté, la huppe fasciée, le lézard ocellé, le pipit mousseline, le chevêche d’athena, le guêpier d’Europe.